Araştırmacılar kuş gribinin yayılmasını izlemek için atık su testlerine giderek daha fazla güvenirken, bazıları kullanılan testlerin güvenilirliğini sorguluyor. Yukarıda, Playa Del Rey'deki Hyperion Su Arıtma Tesisi.
(Jason Armond / Los Angeles Times)
Sağlık yetkilileri, H5N1 kuş gribinin ABD'deki süt hayvancılığı sürüleri arasındaki yayılmasını takip etmek için atık su testlerine giderek daha fazla yönelirken, bazı araştırmacılar da kanalizasyon analizlerinin etkinliği hakkında sorular soruyor.
ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri mevcut testlerin standart hale getirildiğini ve kuş gribini tespit edeceğini söylese de bazı araştırmacılar şüphelerini dile getirdi.
Epidemiyolog Denis Nash, normal insan gribi ile süt sığırlarında ve yabani kuşlarda dolaşan kuş gribini içeren bir virüs kategorisine atıfta bulunarak, atık sudaki influenza A virüslerini test etmek için “Şu anda bu tür geniş testleri kullanıyoruz” dedi. ve evcil kümes hayvanları.
Seçkin epidemiyoloji profesörü ve New York Şehir Üniversitesi Nüfus Uygulama Bilimi Enstitüsü'nün genel müdürü Nash, “Ülke çapında bu testlerde kullanılan primerlerin H5N1 için işe yaramayabileceği bazı yerler olması mümkün” dedi. Sağlık.
Bunun nedeni, en sık kullanılan testlerin (polimeraz zincir reaksiyonu veya PCR testleri) grip virüsü gibi belirli bir organizmanın genetik materyalini tespit etmek için tasarlanmış olmasıdır.
Ancak virüsü tanımlayabilmeleri için ne aradıklarını bilmeye “hazırlanmaları” gerekiyor. Araştırmacılar virüsün hangi bölümünü aradıklarına bağlı olarak kuş gribi alt tipini tanımlayamayabilirler.
İki yaygın insan influenza A virüsü vardır: H1N1 ve H3N2. “H”, virüste tanımlanabilir bir protein olan hemaglutinin anlamına gelir. “N” nöraminidaz anlamına gelir.
Kuş gribi ise aynı zamanda bir influenza A virüsüdür. Ancak H5N1 alt tipine sahiptir.
Bu, insan ve kuş gribi virüsünün N1 sinyalini paylaşmasına rağmen H'yi paylaşmadığı anlamına gelir.
Eğer bir test, influenza A virüsünün göstergeleri olarak yalnızca H1 ve H3'ü arayacak şekilde tasarlanmışsa, kuş gribini gözden kaçıracaktır.
Missouri Üniversitesi'nde moleküler mikrobiyoloji ve immünoloji profesörü Marc Johnson, bunun çok olası olmadığını düşündüğünü söyledi. Çoğu laboratuvarın kullandığı genel panellerin H1, H3 ve H5'i yakalayacağını söyledi.
Laboratuvarı özellikle H1 ve H3'ü ararken, “Sanırım bunu yapan tek kişi biz olabiliriz” dedi.
Son birkaç yılda sağlık görevlileri atık suyu toplum sağlığının koruyucusu olarak kullanmaya başladı.
Stanford Üniversitesi'nde inşaat ve çevre mühendisliği profesörü ve WastewaterSCAN'ın baş araştırmacısı ve program direktörü Alexandria Boehm, atık su gözetiminin pandemi sırasında gerçekten ilerlemeye başladığını söyledi. Belediye atık suyunda binlerce olmasa da yüzlerce virüs ve diğer patojenleri aramak rutin bir yol haline geldi.
Stanford, Emory Üniversitesi ve Alphabet Inc.'in yaşam bilimleri araştırma organizasyonu Verily'deki laboratuvarlardaki araştırmacılardan oluşan bir ağla işbirliği yapan Boehm, “Üç ya da dört yıl önce bunu kimse yapmıyordu” dedi. “Pandemiye tepki olarak gelişti ve gelişmeye devam ediyor.”
Kuş gribinin Teksas'taki süt sığırlarında ilk kez bildirildiği Mart ayının sonlarından bu yana, araştırmacılar ve halk sağlığı yetkilileri atık su örneklerini inceliyor. Çoğu, sistemlerine halihazırda yerleştirdikleri influenza A testlerini kullanıyor; bunların çoğu, kuş gribini değil, insan gribi virüslerini tespit etmek için tasarlanmıştı.
Salı günü CDC, son iki hafta içinde influenza A'yı tespit ettiği atık su sahalarını gösteren kendi kontrol panelini yayınladı.
Ülke çapında 650'den fazla bölgeden oluşan bir ağ sergileyen Florida, Illinois ve Kansas'ta, influenza A seviyelerinin daha fazla kurum araştırmasını gerektirecek kadar yüksek olduğu düşünülen yalnızca üç bölge vardı. Verilerin bir karara varmak için yetersiz olduğu 400'den fazla vaka vardı.
CDC'nin Bulaşıcı Hastalıklara Hazırlık ve Yenilik Bölümü müdür yardımcısı Jonathan Yoder, testlerin yeterince uzun süre yapılmaması veya dahil edilecek kadar pozitif influenza A numunesi bulunmaması nedeniyle bu sitelerin yetersiz veriye sahip olduğunun kabul edildiğini söyledi.
Kullanılan testlerden bazılarının tasarımlarından dolayı kuş gribini gözden kaçırıp atamayacağı sorulduğunda şöyle konuştu: “Buna dair hiçbir kanıtımız yok. Görünüşe göre yeterince geniş bir seviyedeyiz ve H5'i seçmeyeceğimize dair hiçbir kanıtımız yok.”
Ayrıca testlerin ağ genelinde standartlaştırıldığını söyledi.
“Bütün merkezlerde aynı testin kullanıldığına eminim” dedi. “Hepsi CDC'nin influenza A için klinik bir analiz olarak yayınladığı sonuçlara dayanıyor, yani klinik testlere dayanıyor.”
Ancak CDC'nin bulguları ile diğerlerinin bulguları arasında farklılıklar var.
Bu haftanın başlarında, Baylor Tıp Fakültesi, Houston'daki Teksas Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi, Teksas Salgın Sağlık Enstitüsü ve El Paso Su İdaresi'nden bilim adamlarından oluşan bir ekip, dokuz Teksas'taki atık sulardan yüksek düzeyde kuş gribi çıktığını gösteren bir rapor yayınladı. şehirler. Verileri, H5N1'in bu Teksas kasabalarının atık sularında dönen influenza A'nın baskın formu olduğunu gösteriyor.
Ancak CDC dahil diğer araştırma ekiplerinin aksine, hibrit yakalama sıralaması olarak bilinen “agnostik” bir yaklaşım kullandılar.
UTHealth Houston Halk Sağlığı Okulu dekanı ve Teksas ekibinin bir üyesi olan Eric Boerwinkle, “Yani PCR testinde olduğu gibi sadece bir virüsü veya birkaç virüsten birini hedef almıyor” dedi. “Aslında virüsleri aşağı çeken ve dizileyen atık sudan oluşan çok karmaşık bir karışımın içindeyiz.”
“Burada kritik olan, bunun H5N1'e çok özel olmasıdır” dedi ve bu tür testleri yaklaşık iki yıldır yaptıklarını ve Mart ortasından önce H5N1'i hiç görmediklerini belirtti.
Houston Halk Sağlığı Okulu'ndaki Teksas Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi'nde yardımcı doçent ve Teksas atık su ekibinin bir üyesi olan Blake Hanson, PCR tabanlı yöntemlerin “mükemmel” ve “son derece doğru” olduğunu söyleyerek aynı fikirde.
“Fakat genomun yalnızca bir işaret bileşenine değil, tüm genomun temsiline bakma yeteneğine sahibiz. Bu da H5N1'e bakmamıza, onu H1N1 ve H3N2 gibi bazı mevsimsel sıvılarımızdan ayırmamıza olanak sağladı” dedi. “Bize bunun tamamen H5N1 olduğuna dair yüksek güven veren şey bu, oysa diğer makaleler H5 geninin bir kısmını H5 için bir işaretleyici olarak kullanıyor.”
Boerwinkle ve Hanson, atık sularda H5N1'i tespit edebildiklerini ancak nereden geldiğini anlayamadıklarının altını çizdi.
Boerwinkle, “Teksas aslında göçmen kuşlar için birkaç farklı geçiş yolunun kesiştiği bir yer ve Teksas oldukça büyük şehirlere sahip olmasına rağmen aynı zamanda bir tarım eyaleti” dedi. “Eğer paranızı yatırıp olup bitenlerle kumar oynamak zorunda kaldıysanız, bunun muhtemelen tek bir kaynaktan değil birden fazla kaynaktan geliyor olması muhtemelen doğrudur. Bir kaynağın bunlardan herhangi biri olma ihtimalinin daha yüksek olduğunu düşünmek için hiçbir nedenimiz yok.”
Ancak bunun insanlardan gelmediğinden oldukça eminler.
“Genomun tamamına baktığımız için, tek bir insan H5N1 vakasına baktığımızda, genomik dizide… aynı zaman noktasındaki tüm sığırlarla karşılaştırıldığında… ayırt edici bir amino asit değişikliği var.” dedi Hanson. “Sıralama verilerimizin hiçbirinde bu ayırt edici amino asidin mevcut olduğunu görmüyoruz. Ve bunu çok dikkatli bir şekilde inceledik, bu da bize insandan insana bulaşma görmediğimiz konusunda güven veriyor.”
PatientKnowHow.com'un CEO'su ve kurucusu Devabhaktuni Srikrishna, Teksas'ın ekip yaklaşımının gerçekten heyecan verici olduğunu söyleyerek, atık su ve hava için bu tür metagenomik test protokolünün kullanılmasına yönelik “prensip kanıtı” sergilediğini belirtti.
Devlet kurumlarının, özel şirketlerin ve akademisyenlerin, patojenler gibi binlerce mikroskobik organizmayı hızlı, güvenilir ve düşük maliyetle test etmenin güvenilir bir yolunu aradıklarını söyledi.
“Bunun yapılabileceğini gösterdiler” dedi.
(Jason Armond / Los Angeles Times)
Sağlık yetkilileri, H5N1 kuş gribinin ABD'deki süt hayvancılığı sürüleri arasındaki yayılmasını takip etmek için atık su testlerine giderek daha fazla yönelirken, bazı araştırmacılar da kanalizasyon analizlerinin etkinliği hakkında sorular soruyor.
ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri mevcut testlerin standart hale getirildiğini ve kuş gribini tespit edeceğini söylese de bazı araştırmacılar şüphelerini dile getirdi.
Epidemiyolog Denis Nash, normal insan gribi ile süt sığırlarında ve yabani kuşlarda dolaşan kuş gribini içeren bir virüs kategorisine atıfta bulunarak, atık sudaki influenza A virüslerini test etmek için “Şu anda bu tür geniş testleri kullanıyoruz” dedi. ve evcil kümes hayvanları.
Seçkin epidemiyoloji profesörü ve New York Şehir Üniversitesi Nüfus Uygulama Bilimi Enstitüsü'nün genel müdürü Nash, “Ülke çapında bu testlerde kullanılan primerlerin H5N1 için işe yaramayabileceği bazı yerler olması mümkün” dedi. Sağlık.
Bunun nedeni, en sık kullanılan testlerin (polimeraz zincir reaksiyonu veya PCR testleri) grip virüsü gibi belirli bir organizmanın genetik materyalini tespit etmek için tasarlanmış olmasıdır.
Ancak virüsü tanımlayabilmeleri için ne aradıklarını bilmeye “hazırlanmaları” gerekiyor. Araştırmacılar virüsün hangi bölümünü aradıklarına bağlı olarak kuş gribi alt tipini tanımlayamayabilirler.
İki yaygın insan influenza A virüsü vardır: H1N1 ve H3N2. “H”, virüste tanımlanabilir bir protein olan hemaglutinin anlamına gelir. “N” nöraminidaz anlamına gelir.
Kuş gribi ise aynı zamanda bir influenza A virüsüdür. Ancak H5N1 alt tipine sahiptir.
Bu, insan ve kuş gribi virüsünün N1 sinyalini paylaşmasına rağmen H'yi paylaşmadığı anlamına gelir.
Eğer bir test, influenza A virüsünün göstergeleri olarak yalnızca H1 ve H3'ü arayacak şekilde tasarlanmışsa, kuş gribini gözden kaçıracaktır.
Missouri Üniversitesi'nde moleküler mikrobiyoloji ve immünoloji profesörü Marc Johnson, bunun çok olası olmadığını düşündüğünü söyledi. Çoğu laboratuvarın kullandığı genel panellerin H1, H3 ve H5'i yakalayacağını söyledi.
Laboratuvarı özellikle H1 ve H3'ü ararken, “Sanırım bunu yapan tek kişi biz olabiliriz” dedi.
Son birkaç yılda sağlık görevlileri atık suyu toplum sağlığının koruyucusu olarak kullanmaya başladı.
Stanford Üniversitesi'nde inşaat ve çevre mühendisliği profesörü ve WastewaterSCAN'ın baş araştırmacısı ve program direktörü Alexandria Boehm, atık su gözetiminin pandemi sırasında gerçekten ilerlemeye başladığını söyledi. Belediye atık suyunda binlerce olmasa da yüzlerce virüs ve diğer patojenleri aramak rutin bir yol haline geldi.
Stanford, Emory Üniversitesi ve Alphabet Inc.'in yaşam bilimleri araştırma organizasyonu Verily'deki laboratuvarlardaki araştırmacılardan oluşan bir ağla işbirliği yapan Boehm, “Üç ya da dört yıl önce bunu kimse yapmıyordu” dedi. “Pandemiye tepki olarak gelişti ve gelişmeye devam ediyor.”
Kuş gribinin Teksas'taki süt sığırlarında ilk kez bildirildiği Mart ayının sonlarından bu yana, araştırmacılar ve halk sağlığı yetkilileri atık su örneklerini inceliyor. Çoğu, sistemlerine halihazırda yerleştirdikleri influenza A testlerini kullanıyor; bunların çoğu, kuş gribini değil, insan gribi virüslerini tespit etmek için tasarlanmıştı.
Salı günü CDC, son iki hafta içinde influenza A'yı tespit ettiği atık su sahalarını gösteren kendi kontrol panelini yayınladı.
Ülke çapında 650'den fazla bölgeden oluşan bir ağ sergileyen Florida, Illinois ve Kansas'ta, influenza A seviyelerinin daha fazla kurum araştırmasını gerektirecek kadar yüksek olduğu düşünülen yalnızca üç bölge vardı. Verilerin bir karara varmak için yetersiz olduğu 400'den fazla vaka vardı.
CDC'nin Bulaşıcı Hastalıklara Hazırlık ve Yenilik Bölümü müdür yardımcısı Jonathan Yoder, testlerin yeterince uzun süre yapılmaması veya dahil edilecek kadar pozitif influenza A numunesi bulunmaması nedeniyle bu sitelerin yetersiz veriye sahip olduğunun kabul edildiğini söyledi.
Kullanılan testlerden bazılarının tasarımlarından dolayı kuş gribini gözden kaçırıp atamayacağı sorulduğunda şöyle konuştu: “Buna dair hiçbir kanıtımız yok. Görünüşe göre yeterince geniş bir seviyedeyiz ve H5'i seçmeyeceğimize dair hiçbir kanıtımız yok.”
Ayrıca testlerin ağ genelinde standartlaştırıldığını söyledi.
“Bütün merkezlerde aynı testin kullanıldığına eminim” dedi. “Hepsi CDC'nin influenza A için klinik bir analiz olarak yayınladığı sonuçlara dayanıyor, yani klinik testlere dayanıyor.”
Ancak CDC'nin bulguları ile diğerlerinin bulguları arasında farklılıklar var.
Bu haftanın başlarında, Baylor Tıp Fakültesi, Houston'daki Teksas Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi, Teksas Salgın Sağlık Enstitüsü ve El Paso Su İdaresi'nden bilim adamlarından oluşan bir ekip, dokuz Teksas'taki atık sulardan yüksek düzeyde kuş gribi çıktığını gösteren bir rapor yayınladı. şehirler. Verileri, H5N1'in bu Teksas kasabalarının atık sularında dönen influenza A'nın baskın formu olduğunu gösteriyor.
Ancak CDC dahil diğer araştırma ekiplerinin aksine, hibrit yakalama sıralaması olarak bilinen “agnostik” bir yaklaşım kullandılar.
UTHealth Houston Halk Sağlığı Okulu dekanı ve Teksas ekibinin bir üyesi olan Eric Boerwinkle, “Yani PCR testinde olduğu gibi sadece bir virüsü veya birkaç virüsten birini hedef almıyor” dedi. “Aslında virüsleri aşağı çeken ve dizileyen atık sudan oluşan çok karmaşık bir karışımın içindeyiz.”
“Burada kritik olan, bunun H5N1'e çok özel olmasıdır” dedi ve bu tür testleri yaklaşık iki yıldır yaptıklarını ve Mart ortasından önce H5N1'i hiç görmediklerini belirtti.
Houston Halk Sağlığı Okulu'ndaki Teksas Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi'nde yardımcı doçent ve Teksas atık su ekibinin bir üyesi olan Blake Hanson, PCR tabanlı yöntemlerin “mükemmel” ve “son derece doğru” olduğunu söyleyerek aynı fikirde.
“Fakat genomun yalnızca bir işaret bileşenine değil, tüm genomun temsiline bakma yeteneğine sahibiz. Bu da H5N1'e bakmamıza, onu H1N1 ve H3N2 gibi bazı mevsimsel sıvılarımızdan ayırmamıza olanak sağladı” dedi. “Bize bunun tamamen H5N1 olduğuna dair yüksek güven veren şey bu, oysa diğer makaleler H5 geninin bir kısmını H5 için bir işaretleyici olarak kullanıyor.”
Boerwinkle ve Hanson, atık sularda H5N1'i tespit edebildiklerini ancak nereden geldiğini anlayamadıklarının altını çizdi.
Boerwinkle, “Teksas aslında göçmen kuşlar için birkaç farklı geçiş yolunun kesiştiği bir yer ve Teksas oldukça büyük şehirlere sahip olmasına rağmen aynı zamanda bir tarım eyaleti” dedi. “Eğer paranızı yatırıp olup bitenlerle kumar oynamak zorunda kaldıysanız, bunun muhtemelen tek bir kaynaktan değil birden fazla kaynaktan geliyor olması muhtemelen doğrudur. Bir kaynağın bunlardan herhangi biri olma ihtimalinin daha yüksek olduğunu düşünmek için hiçbir nedenimiz yok.”
Ancak bunun insanlardan gelmediğinden oldukça eminler.
“Genomun tamamına baktığımız için, tek bir insan H5N1 vakasına baktığımızda, genomik dizide… aynı zaman noktasındaki tüm sığırlarla karşılaştırıldığında… ayırt edici bir amino asit değişikliği var.” dedi Hanson. “Sıralama verilerimizin hiçbirinde bu ayırt edici amino asidin mevcut olduğunu görmüyoruz. Ve bunu çok dikkatli bir şekilde inceledik, bu da bize insandan insana bulaşma görmediğimiz konusunda güven veriyor.”
PatientKnowHow.com'un CEO'su ve kurucusu Devabhaktuni Srikrishna, Teksas'ın ekip yaklaşımının gerçekten heyecan verici olduğunu söyleyerek, atık su ve hava için bu tür metagenomik test protokolünün kullanılmasına yönelik “prensip kanıtı” sergilediğini belirtti.
Devlet kurumlarının, özel şirketlerin ve akademisyenlerin, patojenler gibi binlerce mikroskobik organizmayı hızlı, güvenilir ve düşük maliyetle test etmenin güvenilir bir yolunu aradıklarını söyledi.
“Bunun yapılabileceğini gösterdiler” dedi.